Spotlight Storeの実体

たしかにファイルとして見えますね。

　$ sudo ls -al /.Spotlight-V100/
　total 640592
　drw------- 7 root admin 238 Apr 29 15:12 .
　drwxrwxr-t 39 root admin 1428 Apr 29 19:39 ..
　-rw------- 1 root admin 0 May 4 10:31 .journalHistoryLog
　-rw------- 1 root admin 114708480 May 4 10:40 .store.db
　-rw------- 1 root admin 98562048 May 4 10:24 ContentIndex.db
　-rw------- 1 root admin 378 Apr 29 15:08 _rules.plist
　-rw------- 1 root admin 114708480 May 4 10:40 store.db

で、除外リストに追加したファイルは、ファイルシステム毎に_exclusions.plistというファイルに追加されるみたいです。

　-rw------- 1 unknown unknown 303 May 3 19:07 _exclusions.plist

store.dbと.store.dbの二種類あるけど、片方はDBのバックアップでしょうか。どのファイルもファイルを操作するごとに頻繁に更新されてます。